Cami, II. Selim döneminde Defterdar olan Mustafa Paşa tarafından Mimar Sinan'a yaptırılmıştır. Talat Paşa Caddesi üzerinde, Sitti Sultan Camii'nin kuzeybatısındadır. Yapı, genişçe bir avlu içindedir. Kaynaklarda Defterdar Camii, Defterdar Mustafa Çelebi Camii, Defterdar Kara Mustafa Paşa Camii adlarıyla da anılmaktadır. Evliya Çelebi, harim(cami) kubbesinin görkemli; minaresinin ise, bu kubbeye göre orantılı inşa edildiğini söylemektedir.

Caminin kubbesinin 1752 depreminde göçtüğünü; 1870'li yıllarda, Hacı Ruşen Efendi tarafından yaptırılan onarımda, harimin, ahşap bir çatıyla örtüldüğünü belirtmektedirler. Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün 1953 ve 1962 yıllarında yaptırdığı onarımlarda, kubbe, son cemaat yeri, taçkapı ve pencereler, aslına uygun olarak yenilenmiştir.