Üç Şerefeli Cami'nin kuzeybatısında yer alır. Diğer adı Medrese-i Cedide'dir. Medrese 19 hücre ve biri açık eyvan, biri kapalı iki dershaneden oluşmaktadır. Revakları taşıyan sütunlar, avlu etrafında mermer, başlıkları bileziksiz ve baklavalıdır. Sütunların arası eşit olmayıp yerine göre yapılmış, kemer geçişleri de bu duruma uydurulmuştur. Bu yüzden sivri gibi görülen kırık kemerlerin yüksekliği, en dar olanlarında bile açıklıkların yarısı kadar bile yoktur. Yapının girişe bakan revağı Bursa kemerlidir. Revak üstü tavanlı, boylu boyunca tonoz örtülüdür.

Hücrelerden 16'sı kubbeli, 3'ü çapraz tonozludur. Hücrelerin birer kapısı ve bir revağı ile ikisi dışarı açılmak üzere üçer penceresi bulunur. Bazı hücrelerde ocak bulunur. Dershaneler kubbe örtülüdür. Yapının giriş kubbesi 10 dilime bölünmüş ve tepeye on parçalı bir yıldız yerleştirilmiştir. Binanın kasnakları ve silmeleri kesme taşla yapılmıştır. Kubbe kasnağı sağırdır. Yalnız eyvan ve kapalı dershane kornişlerinde süsleme vardır. Çok harap olduktan sonra 1968 yılında restore edilen yapının özgün olduğu söylenebilecek tek öğesi, yivli yarım kubbe ile örtülü taç kapı nişi ve giriş üzerindeki kubbeyi, pandantiflerini de içererek süsleyen mukarnas bezemesidir.